MASTER - BIOSCIENCES spécialité Bio-informatique (finalité recherche et professionnelle)

Activités visées :

activités visées : Domaine d'intervention : Pluridisciplinaire, à l'interface des sciences du vivant, de l'informatique et des mathématiques. Le domaine d'intervention s'inscrit dans un contexte de mutation de l'expérimentation en sciences du vivant vers le haut débit (génomique et post-génomique). Les productions massives de données génèrent un accroissement sans précédent des besoins en bioinformatique et biomathématiques.

Situations professionnelles : Polyvalence du bioinformaticien-biostatisticien-biomathématicien. Il utilise, conçoit et développe des outils, des méthodes, des modèles informatiques et mathématiques destinés à la gestion des expériences et des données, à l'analyse des données, à la modélisation des systèmes biologiques, à la visualisation et la diffusion des données en sciences du vivant.

Fonctions et responsabilités professionnelles : Aux fonctions multiples de gestionnaire-analyste-réalisateur-concepteur-développeur, il faut ajouter généralement aussi celle de chef de projet (CdP). Les responsabilités professionnelles qu'il ou elle assume sont ainsi le plus souvent la conduite d'un projet dans ses différentes étapes :
- il (elle) rédige le Plan Assurance Qualité du projet (fonction CdP)
- il (elle) réalise l'analyse fonctionnelle et technique des besoins dans le cadre de programmes de recherche et participe à la rédaction du cahier des charges des applications à développer.
- il (elle) réalise la conception, le développement, l'installation, la mise en production et la maintenance et le suivi des applications (bases de données, annotations, analyses diverses de bioinformatiques)
- il (elle) réalise le traitement statistique des données et leur analyse, leur comparaison avec des données extérieures.
- il (elle) veille en permanence au respect des dispositions qualité décrites dans le Plan Assurance Qualité (fonction CdP)
- il (elle) rédige la documentation développeur, utilisateur et d'exploitation.
- il (elle) participe à la formation et au conseil des utilisateurs biologistes pour l'utilisation des applications bioinformatiques.

Compétences attestées :

capacités visées : Les activités professionnelles visées nécessitent des compétences pluridisciplinaires de quatre types :

Expertise en développement logiciel et d'applications en bioinformatique :
Conception et développement objet
Conception et développement de systèmes d'information (Bases de Données) Programmation des nouvelles technologies de Web Services et Grille de calcul Conduite de projet et outils de suivi du développement logiciel
Bioinformatique (algorithmique du texte, combinatoire des mots, analyse comparative de séquences biologiques, inférence et recherche de motifs, algorithmique pour la fouille de textes, modèles informatiques pour l'intégration et la représentation de données hétérogènes et la modélisation des systèmes biologiques...)

Expertise en statistiques et mathématiques pour la modélisation et l'analyse de données :
Statistique Inférentielle
Modèles statistiques pour l'analyse des séquences
Analyse et fouille de données
Méthodes statistiques en phylogénie
Statistiques pour la cartographie de liaison et la génétique des populations
Modèles mathématiques pour la modélisation et simulation de systèmes complexes en biologie

Connaissances en biologie, expertise en ressources et analyses bioinformatiques :
Connaissances fondamentales en biologie : concepts fondamentaux de la cellule (biochimie, biologie cellulaire, génétique moléculaire, génomique, génomique fonctionnelle, biologie structurale) et expérimentations unitaires et haut débit correspondantes (cartographie, séquençage, transcriptomique, protéomique, RMN...).
Expertise  en  analyses  bioinformatiques  :  maîtrise  des  outils  bioinformatiques  existants  (ressources  internationales  en bioinformatique, génomique comparative, annotation structurale et fonctionnelle des génomes , modélisation et prédiction
de structures, gestion et analyses d'expériences en transcriptomique et protéomique, ressources pour les réseaux géniques, interactomiques et voies métaboliques).

Culture de l'environnement professionnel :
Connaissance  des  structurations  nationales  et  internationales  de  la  recherche  et  des  bioindustries  en  génomique  et bioinformatique.
 Connaissance des stratégies et structures d’innovation en biotechnologies, des enjeux sociétaux et bioéthiques. Il s’agit d'en connaître les concepts économiques et juridiques (propriété industrielle, brevets, création d’entreprises).
La maîtrise des Technologies de l’Information et de la Communication est au coeur du métier. Maîtrise de la langue anglaise écrite et orale.
Développements personnels : responsabilité, autonomie, esprit analytique, rigueur, ouverture d'esprit, sens de l'organisation, prise de décisions et goût du travail en équipe.