Titre ingénieur - Ingénieur diplômé de l'Ecole d'ingénieurs Denis-Diderot de l'Université Paris Cité, spécialité génie biologique

Objectifs et contexte de la certification :

Les nouvelles technologies d’exploration du vivant (les «omiques») ont conduit à une nette augmentation du nombre de données en Sciences du Vivant et en Médecine ainsi qu’à leur diversification  («Big Data»). De nouveaux outils pour gérer, traiter, analyser et donc exploiter ces données sont nécessaires. Les informations qui en sont issues sont à forte valeur ajoutée dans des domaines très variés tels que la biologie cellulaire, la génétique, la médecine personnalisée ou la pharmacochimie. En effet, la science des données relatives au vivant se développe dans de nombreux secteurs d’activités. On peut citer les biotechnologies, l’industrie pharmaceutique et parapharmaceutique, l’industrie agroalimentaire, les plateformes biologiques ou médicales et le secteur hospitalier en général. Sa mise en œuvre requiert des compétences pluridisciplinaires à l’interface de l’informatique, des sciences du vivant et de la médecine.

Les entreprises de ces secteurs ont certes besoin d’équipements pour produire et optimiser la production à haut débit de données relatives au vivant mais elles ont également besoin de développer et déployer des solutions informatiques et des modèles mathématiques, par exemple en biostatistiques, adaptés à la gestion, l’organisation, l’analyse et la sécurisation de ces données.

Les ingénieurs de la spécialité "génie biologique" devront relever ce défi. Pour ce faire, ils devront faire preuve d’une forte réactivité et de grandes capacités d’adaptation afin d’être en mesure de concevoir ces solutions informatiques et ces modèles physiques et mathématiques.

Activités visées :

L’ingénieur diplômé de la spécialité "génie biologique" de l’EIDD est amené à :

• Identifier des stratégies de résolution automatisables via l’outil informatique.
• Développer des solutions innovantes en science des données pour le vivant.
• Développer des méthodes et logiciels performants, pour exploiter les informations issues d’expériences biologiques ou médicales.
• Gérer des projets complexes par leur pluridisciplinarité, les contraintes de la réglementation nationale et/ou internationale codifiant la manipulation du vivant ou des données relatives au vivant, par les enjeux éthiques et environnementaux concernés.
• Déployer des outils Web (bases de données et services) pour organiser les informations biologiques ou biomédicales, en garantissant la sécurisation et l’anonymisation des données.
• Mettre en œuvre une démarche qualité relative aux logiciels utilisés en bioinformatique.
• Développer des technologies pour produire de nouvelles informations et améliorer la qualité des données biologiques ou médicales générées.
• Rédiger des rapports de suivi des travaux ainsi que des projets de recherche en langue française ou anglaise.
• Mettre en place une veille règlementaire dans le domaine de la bioinformatique et des biotechnologies, et assurer son suivi.
• Vulgariser des produits scientifiques et produire des supports de formation pour les utilisateurs de ces produits.
• Manager de façon transversale des équipes pluridisciplinaires, aussi bien nationales qu’internationales.
• Conseiller des industries de la santé (pharmaceutiques et para-pharmaceutiques), de l’agroalimentaire,des biotechnologies et/ou de l’environnement.
• Conseiller le secteur hospitalier pour ses plateformes médicales ou biologiques.

Compétences attestées :

Au terme de sa certification, l’ingénieur « génie biologique » possède toutes les compétences scientifiques et techniques de base du métier d’ingénieur, ainsi que celles qui relèvent de l’adaptabilité aux exigences de l’entreprise et de la connaissance de l’organisation de l’entreprise et de sa culture.

L’ingénieur « génie biologique » développe également des compétences spécifiques à sa spécialité résumées ci-après :

• Appliquer les outils du numérique issus de l’intelligence artificielle, de la fouille de données et/ou du traitement du signal dans le domaine de la biologie et de la médecine.
• Exploiter les concepts modernes de la biologie moléculaire et cellulaire et les principes de la génétique dans la résolution numérique de problèmes biologiques, biotechnologiques ou médicaux.
• Gérer la spécificité des données biologiques produites par les approches de séquençage haut débit ("Omiques": Génomique, Protéomique, Métabolomique etc).
• Appliquer les outils de la bioinformatique, des biostatistiques, de la modélisation mathématique (ou physique) et de la simulation numérique dans la compréhension et la maîtrise de systèmes biologiques variés, pour permettre le traitement puis l’exploitation des données qui leur sont associées.
• Rédiger et gérer des projets (objectifs, qualité, coût, marché, délais, risques, éthique, règlementation) et conduire une ou plusieurs équipe(s) pour porter ces projets.
• Analyser les enjeux sociaux, économiques et éthiques de ces projets, et traduire en actions spécifiques sa place d’ingénieur en bioinformatique dans son entreprise ou son laboratoire.
• Concevoir un système répondant à un cahier des charges (notamment choisir et mettre en œuvre des outils statistiques adaptées aux problématiques biologiques ou médicales).
• Respecter les usages et la réglementation dans les domaines de l’éthique, du développement durable (calculs optimisés, choix de logiciels à faible temps de calculs,etc) et de la responsabilité environnementale.
• Respecter les usages et la règlementation relatives à la manipulation du vivant et des données issues du vivant (données personnelles, dossiers médicaux,etc).

Modalités d'évaluation :

La validation des compétences se fait sur un modèle hybride :

• Les examens écrits et/ou oraux sous forme de QCM, de problèmes guidés ou de problèmes ouverts.
• Les mises en situation professionnelle en laboratoire public, hôpital et/ou en entreprise.
• La rédaction de rapport, notamment en anglais suite à la mobilité internationale de minimum 2 mois.

Les modalités d’évaluation des compétences sont aménagées en situation d’handicap (médicalement attestée). Des dispositions variées, fonction de la sévérité du handicap sont proposées en accord avec le référent médical : tiers temps supplémentaire aux examens, répartition de la formation sur 4 ans, mise à disposition d’un robot de substitution pour les projets et travaux pratiques, etc.

La politique générale en matière d’handicap étudiant de l’Université Paris Cité, dont dépend l’EIDD, peut être consultée ci-contre : https://u-paris.fr/etudes-et-handicap/

Il est possible d'accéder au diplôme d’ingénieur de l’EIDD spécialité "génie biologique" par la voie de la validation des acquis (VAE). Conformément à la réglementation nationale, l’évaluation des compétences est réalisée à partir d’éléments de preuve de l’expérience professionnelle (rapport, soutenance orale devant un jury).